SEQUENCIAMENTO COMPLETO DO GENOMA

O sequenciamento completo do genoma humano é solicitado quando o histórico médico e exame físico do paciente indicam fortemente uma etiologia genética. Na maioria dos casos, o paciente já passou por diversos testes, mas uma etiologia não foi identificada.
O sequenciamento completo do genoma humano é um exame de alta complexidade que foi desenvolvido para identificar alterações no DNA do paciente que podem estar relacionadas ou serem causadoras de problemas médicos. Ao invés de investigar genes individuais ou pequenos grupos de genes, todas as regiões codificadoras e não codificadoras do genoma são analisadas simultaneamente utilizando-se a tecnologia de sequenciamento massivo paralelo. O exame também contempla a análise completa do genoma mitocondrial.
Sabe-se que a maioria dos erros que ocorrem nas sequencias de DNA que levam a doenças genéticas estão localizados nos exons e algumas regiões não codificantes dos genes, portanto, o sequenciamento completo do genoma é um método bastante eficiente para a descoberta da causa de doenças ou anomalias. O teste é baseado no sequenciamento de cada nucleotídeo do genoma humano de um indivíduo, com cobertura média de 20-30X. Esta sequência é então comparada a padrões e referências (GRCh38) do que é considerado normal na população. A análise dos dados é realizada a partir dos dados gerados com auxílio de softwares especializados juntamente com bancos de dados curados e literatura científica especializada, interpretados por uma equipe médica multidisciplinar buscando a melhor interpretação molecular e médica. O sequenciamento completo do genoma humano é uma técnica altamente sensível, capaz de identificar muitas variantes genéticas com potencial impacto clínico. No entanto, como qualquer exame laboratorial, ele possui limitações. Devido à complexidade intrínseca de tais variantes associada a eventuais limitações da metodologia, não é possível assegurar para todos os eventos a exatidão dos limites reportados. Variantes podem não ser relatadas caso estejam presentes em regiões gênicas não sequenciadas adequadamente, regiões ricas em repetições e áreas com pseudogene. Devido às limitações técnicas não é indicado para investigar doenças genéticas causadas por expansões de trechos repetidos do DNA, bem como a análise do número de cópias do gene SMN1.

MÉTODO: O DNA extraído é submetido a sequenciamento de nova geração, após fragmentação enzimática e um protocolo de PCR-free. Os dados são processados para detecção de variantes pontuais, alterações de número de cópias e variantes estruturais conforme melhores práticas para pipeline de bioinformática. Os parâmetros de qualidade para análise são cobertura média mínima acima de 20x das bases e no mínimo 90% de profundidade acima de 10x. A classificação da variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de inicialização ATG alinhado contra o genoma referência GRCh38/hg38 e NC_012920.1 (mitocondrial). As variantes descritas no laudo são anotadas seguindo as recomendações descritas pela Human GenomeVariation Society (HGVS) e, para variantes mitocondriais, Revised Cambridge Reference Sequence ("rCRS"). As variantes são interpretadas considerando o quadro clínico do paciente e o protocolo de classificação de variantes do Colégio Americano de Genética Médica (ACMG).