PCR PAN-BACTERIANA E SEQUENCIMENTO- FLEURY

Culturas de pacientes com suspeita de infecção bacteriana envolvendo locais normalmente estéreis podem não fornecer crescimento bacteriano (incluindo micobacteriano) para identificação devido à presença de bactérias fastidiosas ou de crescimento lento ou como resultado de terapia antimicrobiana anterior. A amplificação por reação em cadeia da polimerase de uma porção do gene do RNA ribossômico 16S (rRNA) seguida de sequenciamento do produto amplificado pode ser usada para detectar ácidos nucleicos bacterianos (incluindo micobacterianos) nessas situações, permitindo um diagnóstico. Algumas amostras clínicas podem ter mais de uma espécie bacteriana presente ou a presença de variantes de cópia do gene 16S rRNA dentro de uma única espécie bacteriana, confundindo a análise de sequenciamento de Sanger. O sequenciamento de nova geração pode ser útil nesses casos. Amostras ideais são aquelas em que as bactérias (incluindo micobactérias) são visualizadas por microscopia. As válvulas cardíacas de pacientes com endocardite com coloração de Gram positiva são, por exemplo, especialmente adequadas. Um resultado positivo de reação em cadeia da polimerase (PCR)/sequenciamento indica que foi detectado ácido nucleico bacteriano do organismo especificado, o que pode ser devido a infecção bacteriana ou ácidos nucleicos ambientais ou contaminantes na amostra. Um resultado negativo de PCR/sequenciamento indica a ausência de ácidos nucleicos bacterianos (incluindo micobacterianos) detectáveis na amostra, mas não exclui resultados falso-negativos que podem ocorrer devido a erro de amostragem, variabilidade de sequência subjacente aos primers, presença de ácidos nucleicos bacterianos em quantidades inferiores ao limite de detecção do ensaio, ou inibição de PCR. Este teste não detecta microrganismos não bacterianos (por exemplo, vírus, fungos, helmintos, protozoários), mas detecta micobactérias.

Método: Reação em Cadeia da Polimerase do Gene RNA Ribossômico 16S (PCR) seguida de Sequenciamento.