Analises Clinicas
PAINEL GENETICO PARA LEUCEMIA LINFOBLASTICA AGUDA - FLEURY
Sobre o Exame
O painel de mutações para Leucemia Linfoblástica Aguda (LLA) está baseado no sequenciamento de nova geração de 51 genes (37 genes completos e 14 genes com regiões hotspot) e de região de fusão de 27 genes principalmente envolvidos na LLA. São verificadas as seguintes alterações: alterações de nucleotídeo único (SNVs), pequenas inserções e deleções (INDELS), fusões gênicas. O ensaio fornece o perfil de mutações e o percentual de apresentação das variantes, ao diagnóstico e em amostras pós-tratamento, porém para estas últimas a sensibilidade pode, eventualmente, ser insuficiente. As fusões envolvendo os 27 genes principais podem ocorrer com diferentes genes parceiros, totalizando 100 fusões conhecidas. Além disso o nosso teste é capaz de detectar fusões envolvendo os 27 genes com novos parceiros.
A fusão de BCR-ABL1 possui limite de detecção de 10% na escala internacional. Para acompanhamento de detecção da fusão BCR-ABL1 é indicado o teste de alta sensibilidade por PCR em tempo real.
GenBank (GRCh37 / hg19) dos 51 genes analisados (SNVs e InDels): (para alterações de SNV e INDELS por sequenciamento de DNA): ABL1 (NM_007313); AFF1 (NM_005935); ATM (NM_000051); BRAF (NM_004333); CDKN2A ( NM_001195132); CDKN2B (NM_004936); CEBPA (NM_004364); CREBBP (NM_004380); CRLF2 (NM_022148); DNMT3A (NM_153759); EPOR (NM_000121); ERG (NM_004449); ETV6 (NM_001987); EZH2 (NM_004456); FAT1 ( NM_005245); FAT3 (NM_001008781); FBXW7 (NM_033632); FLT3 (NM_004119); GATA3 (NM_002051); IDH1 (NM_005896); IDH2 (NM_002168); IKZF1 (NM_001220765); IKZF2 (NM_016260); IKZF3 (NM_012481); IL7R (NM_002185); JAK1 (NM_002227); JAK2 (NM_004972); JAK3 (NM_000215); KRAS (NM_004985); LEF1 (NM_001130713); LYL1 (NM_005583); MLLT1 (NM_005934); NOTCH1 (NM_017617); NRAS (NM_002524); P2RY8 (NM_178129); PAX5 (NM_016734); PHF6 (NM_032458); PTEN (NM_000314); PTPN11 (NM_002834); RB1 (NM_000321); RUNX1(NM_001754); SH2B3 (NM_005475); STAT3 (NM_139276); STAT5B (NM_012448); TCF3 (NM_003200); TET2 (NM_001127208); TLX3 (NM_021025); TP53 (NM_000546); TYK2 (NM_003331); U2AF1(NM_001025203); WT1 (NM_024426).
Método: O protocolo consiste na extração de DNA e de RNA a partir da amostra de sangue total ou de medula óssea. Segue-se o preparo inicial para a fragmentação das moléculas de DNA e inserção de adaptadores com indexes únicos e outro preparo individualizado para a inserção de adaptadores com indexes distintos para as moléculas de RNA. Na sequência, ocorre o enriquecimento das regiões de interesse das moléculas de DNA e RNA (cDNA) por meio da hibridação de sondas individualizadas. A captura compreende a região codificante de 51 genes (37 genes completos e 14 genes com regiões hotspot) e região de fusão de 27 genes mais frequentemente envolvidos na Leucemia Linfoblástica Aguda (LLA), com sequenciamento na plataforma NextSeq500 (Illumina). Os dados do sequenciamento são processados em um programa de bioinformática desenvolvido e validado. As variantes identificadas e filtradas por esse programa passam por uma anotação gênica, análise e interpretação dos dados com base em algoritmos desenvolvidos internamente. Ressalte-se que a fusão de BCR-ABL1 apresenta um limite de detecção de 10%, pela escala internacional, neste teste. Assim, sugere-se que para acompanhamento de detecção da fusão BCR-ABL1 seja solicitado o teste de alta sensibilidade por PCR em tempo real (QBCRABL ou PH1PCR).
A fusão de BCR-ABL1 possui limite de detecção de 10% na escala internacional. Para acompanhamento de detecção da fusão BCR-ABL1 é indicado o teste de alta sensibilidade por PCR em tempo real.
GenBank (GRCh37 / hg19) dos 51 genes analisados (SNVs e InDels): (para alterações de SNV e INDELS por sequenciamento de DNA): ABL1 (NM_007313); AFF1 (NM_005935); ATM (NM_000051); BRAF (NM_004333); CDKN2A ( NM_001195132); CDKN2B (NM_004936); CEBPA (NM_004364); CREBBP (NM_004380); CRLF2 (NM_022148); DNMT3A (NM_153759); EPOR (NM_000121); ERG (NM_004449); ETV6 (NM_001987); EZH2 (NM_004456); FAT1 ( NM_005245); FAT3 (NM_001008781); FBXW7 (NM_033632); FLT3 (NM_004119); GATA3 (NM_002051); IDH1 (NM_005896); IDH2 (NM_002168); IKZF1 (NM_001220765); IKZF2 (NM_016260); IKZF3 (NM_012481); IL7R (NM_002185); JAK1 (NM_002227); JAK2 (NM_004972); JAK3 (NM_000215); KRAS (NM_004985); LEF1 (NM_001130713); LYL1 (NM_005583); MLLT1 (NM_005934); NOTCH1 (NM_017617); NRAS (NM_002524); P2RY8 (NM_178129); PAX5 (NM_016734); PHF6 (NM_032458); PTEN (NM_000314); PTPN11 (NM_002834); RB1 (NM_000321); RUNX1(NM_001754); SH2B3 (NM_005475); STAT3 (NM_139276); STAT5B (NM_012448); TCF3 (NM_003200); TET2 (NM_001127208); TLX3 (NM_021025); TP53 (NM_000546); TYK2 (NM_003331); U2AF1(NM_001025203); WT1 (NM_024426).
Método: O protocolo consiste na extração de DNA e de RNA a partir da amostra de sangue total ou de medula óssea. Segue-se o preparo inicial para a fragmentação das moléculas de DNA e inserção de adaptadores com indexes únicos e outro preparo individualizado para a inserção de adaptadores com indexes distintos para as moléculas de RNA. Na sequência, ocorre o enriquecimento das regiões de interesse das moléculas de DNA e RNA (cDNA) por meio da hibridação de sondas individualizadas. A captura compreende a região codificante de 51 genes (37 genes completos e 14 genes com regiões hotspot) e região de fusão de 27 genes mais frequentemente envolvidos na Leucemia Linfoblástica Aguda (LLA), com sequenciamento na plataforma NextSeq500 (Illumina). Os dados do sequenciamento são processados em um programa de bioinformática desenvolvido e validado. As variantes identificadas e filtradas por esse programa passam por uma anotação gênica, análise e interpretação dos dados com base em algoritmos desenvolvidos internamente. Ressalte-se que a fusão de BCR-ABL1 apresenta um limite de detecção de 10%, pela escala internacional, neste teste. Assim, sugere-se que para acompanhamento de detecção da fusão BCR-ABL1 seja solicitado o teste de alta sensibilidade por PCR em tempo real (QBCRABL ou PH1PCR).
Orientações de Preparo
Sem preparo prévio necessário para a realização deste exame. Para mais dúvidas, entre em contato.